Face aux nombreux contentieux dans les États membres, la Commission européenne a réalisé un exercice délicat de « clarification » pour une « application pragmatique » des articles 5 et 9 de la directive Oiseaux. Tout en y intégrant la jurisprudence de la Cour de justice de l'Union européenne (CJUE) relative à la protection des oiseaux sauvages, elle a tenté de réduire en parallèle la charge administrative pour les acteurs économiques la mettant en œuvre (transport, agriculture, énergie, …).
Le résultat est une série de lignes directrices (1) qui rappellent, dans un premier temps, que l'article 5 impose un système général de protection pour toutes les espèces - pas seulement les plus menacées -, sur tout le territoire - pas seulement dans les zones protégées - et sans limitation temporelle. De surcroît, « les États membres sont également tenus de veiller à ce que le système de protection mis en place soit effectivement appliqué sur le terrain », rappelle la Commission. Les lignes directrices reviennent surtout sur la notion de « délibéré » qui qualifie plusieurs actions interdites par la directive (destruction d'espèces, perturbation de l'habitat, etc). La Commission précise qu'un acte est « délibéré » non seulement s'il est intentionnel mais aussi si l'auteur d'une activité a connaissance du risque de dommage que cela entraîne.
La Commission encourage à travers ces lignes directrices les mesures préventives pour éviter les infractions en amont des projets, et surtout, elle précise que, si ces mesures sont efficaces, les impacts résiduels peuvent être considérés comme non intentionnels et, par conséquent, cela peut limiter les besoins de dérogation « espèces protégées » : « Cela peut simplifier la mise en œuvre et réduire considérablement la charge administrative et les coûts pour les autorités et les entreprises, tout en garantissant la sécurité juridique des exploitants », explique la Commission.
Si les précisions apportées par ces lignes directrices ne changent pas le droit, elles transforment toutefois sa mise en œuvre avec un objectif assumé de simplification et de sécurisation juridique pour les acteurs économiques. Par ailleurs, le document comprend deux annexes consacrées à l'oie bernache et au grand cormoran. Les populations de ces espèces ont considérablement augmenté ces dernières années, ce qui a entraîné des conflits avec certaines activités économiques, telles que l'agriculture et la pêche.
